故事大纲：
当主角Konoko完成了指令训练之后，就会接到Shinatama所指派的第一项任务。任务的目的就是要到Syndicate仓库找回侦查员Chung。因为他有一块资料片存有Syndicate内部的重要资料，所以Konoko非救他不可。
第一关：Trial Run
地点：Syndicate 仓库
游戏一开始Konoko先将手枪收好，之后进入房间与仓库内的守卫进行埋身战。玩者可在这场战斗中多和互搏的练习，对于日后的打击敌人有极大帮助。解决他们之后搜寻一下电脑操控台和周围的大木箱看看有没有武器收藏起来。最后利用其他的电脑操控台（附有颜色符号显示）去解开大堂最尾那间房门，进入后便会出现一段由Shinatama分派的第一项任务的批示与及相关计划的资料片段。
Save Point 1：到仓库内找回一名调查企业集团活动的侦查员Chung。
这部分第一件要作的就是要找回侦查员Chung。玩者一进入门口会看到有颜色符号的门，这些门是被锁着的，所以暂时可以不理。每一层玩者皆需进入没锁上的门，而每层只有两间房，大家只要顺序逐间房去搜查便可。至于锁上的门，只需利用电脑操控台就可以解开，进入这些房间后会见到守卫，玩者只需用埋身攻击便可以打倒他们，直接到达第三层。
Save Point2:寻找仓库的负责人去了解事件的来龙去脉。
这一段事件最主要是找寻仓库的负责人获得资料。人数共有两位：一位是职员，另一位则是经理。至于他们身处的位置是在最底下一层和第二层。 Save Point 3,4：协助TCFC攻击小组进行任务以及搜寻载货卡车，保护战斗用军车等候TCFC攻击小组到达处理。
第三部分主要是杀掉敌人，利用电脑操控台，将最底下一层锁上的门打开，之后就会出现一个计时器在右下方。玩者需在限定时间3分钟之内阻止敌人发动卡车将货物运走，而卡车是利用电脑操控台指挥的。玩者只要上最顶一层（有铁丝网围绕）向左边一直去就可以找到电脑操控台按下后便会有片段出现，任务亦代表完成。
故事大纲：
Konoko完成第一项任务后取得了Chung的资料片，Konoko准备到一间研究中心调查，可惜此中心早已被Syndicate组织占据，而且资料片的内容也被更改，Konoko为了队员安全又再一次进行战斗。
第二关：Engines of Evil
地点：Manufacturing Plan(制作工程)
Save Point 1：搜查Musashi工场从而发掘出Syndicate组织犯罪活动的证据。
游戏一开始时，玩者便会被两至三名守卫攻击，当中会有两名TCFC队员一同作战。战斗过后就向右边走，进入一道没锁的门，将电脑操控台启动，二楼左方锁上的门便会打开，接着就登上二楼去。
Save Point2：寻找仓库的负责人去了解事件的来龙去脉
其实这一部分的目的是给玩者一个机会去取回复药及武器用品。大家只要顺序由最底下一层打倒最顶一层便会经过Save Point2。
Save Point 3：躲避镭射防御装置逃离工场。
工场内布满了红外线探测器，玩者千万不要触动它，否则子弹会由四方八面不停射向Konoko。不过大家只需看准时机，便可轻易过关。
Save Point4：关闭Syndicate组织开动的Deadly Brain。
进入了最后一度门，玩者遇到一名科学家，她会向玩者透露自己所制造的Deadly Brain被Syndicate启动了，而且更处于疯狂状态。于是她央求Konoko为她关掉Deadly Brain。Deadly Brain的位置就在玩者身处之地的下一层。大家进入Deadly Brain的房间后会看到四周布满红外线，不过小心一点是可以轻松跳过。之后，再向中央的电脑操控台按三次（左、中、右各一次）Deadly Brain就会关闭，任务亦算完成了。
故事大纲：
Konoko满以为关掉Deadly Brain就可以解决一个大灾难。但实际上Syndicate已经向另一间生化研究中心进行攻击。Kokono当然不可以不理，于是她便第一时间赶去。正常她到达门外之际，原来已经有一位巨人等待她。他正是Syndicate所制造的改造人Barabas。
第三关：Puzzle Pieces
地址：Bio-Research Lab(生物研究所)
Save Point 1：打倒敌人Barabas取得研究的设施资料和使用各种方法进入保安大楼的顶部。
Barabas是本关的首领，而使用的武器称为Wave Motion Cannon，攻击力非常高。如果大家想和他一较高下的话，就必须打掉他手上的武器才可。至于打倒他的最佳办法就是采用近身连续技，又或者使用Wave Motion Cannon作远距离攻击。还有，大家一定要不停攻击他，不要给他机会运用魔法回复能源，否则玩者必定比他更早丧命。
另一方面，大首领Muro和他的手下正攻击实验室去偷取基因手术的仪器。虽然TCTF拯救小组已立即赶去现场，但仍然无法进入大楼。原因是大楼早被Muro和他的手下占据了。现在只有一个方法让TCTF拯救小组进入控制中心，就是派Konoko去打倒他们。
Save point2：阻止狙击者杀大楼内的科学家以及确保TCTF指挥人员安全进入保安制大楼的顶部和攻击大堂内的敌人。
不单只大楼已被Syndicate军队攻击，而且总部更侦察以他们正实行大规模屠杀行动。只要有人生存便人受到枪击，而当中大部分都是科学家，所以Konoko解决了Barabas后，需向大闸左方走，然后顺序逐层开动电脑操控台将顶楼锁上的门打开去阻止他们的杀戮行动。
Save Point3：清除大楼顶部的敌方军队和寻找机体去封锁上层的通道，阻止Muro于码头卸货区卸下偷回来的实验品。
玩者只需由顶楼打到最底下一层就可以找到出口。不过沿途的敌人差不多每一位都身怀武器，所以最好运用边走边躲避的方法，直奔落最底一层，然后开动电脑操控台，便可以顺利过关。
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